La historia de la futura Parroquia San Juan Pablo II comienza mucho antes de que existiera el proyecto parroquial. Su origen se encuentra en el gran desarrollo urbanístico de Valdebebas, uno de los proyectos de expansión urbana más importantes de Madrid en el siglo XXI.
El 22 de abril de 2015 quedó formalizada la incorporación al patrimonio municipal de una parcela de 6.083,12 metros cuadrados situada en el entorno de la actual Avenida de Secundino Zuazo. Esta finca pasó a formar parte del Inventario del Patrimonio Municipal del Suelo con el número 28.340, quedando inscrita asimismo en el Registro de la Propiedad de Madrid como finca registral 42.291. Desde ese momento quedó reservada para usos dotacionales de equipamiento, es decir, para servicios destinados al bienestar y desarrollo de los futuros vecinos del barrio.
Aquella decisión formaba parte de la construcción de una ciudad nueva. Cuando se diseñó Valdebebas no solo se planificaron viviendas, calles y zonas verdes. También se reservaron espacios destinados a colegios, centros culturales, instalaciones deportivas, servicios municipales y otros equipamientos necesarios para que una nueva comunidad pudiera crecer con todos los servicios necesarios.
Aunque nadie podía imaginar entonces que aquel solar terminaría acogiendo una parroquia dedicada a San Juan Pablo II, la realidad es que la historia del proyecto parroquial comenzó precisamente en este momento: cuando la ciudad reservó un espacio para el servicio de las personas y para el bien común. Con el paso de los años, ese mismo suelo acabaría convirtiéndose en un lugar destinado a servir no solo las necesidades materiales del barrio, sino también sus necesidades espirituales, sociales y comunitarias.